- 국세청, 지난해 864개 기업 적발해 270억 원 추징… 3년 새 10배 증가
- 선의의 피해 막으려면 사전심사 제도 활용해야… 가산세 면제 등 혜택
국세청이 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 부정 수급에 대한 단속을 강화하고 있다. 20일 국세청에 따르면 지난해 R&D 세액공제 부당공제로 적발된 기업은 864개, 추징 금액은 270억 원에 달했다. 이는 2021년 27억 원 대비 10배 가까이 증가한 수치다.
부정 수급 사례도 다양해지고 있다. 타인의 논문을 복제하거나 인용해 실제 연구개발을 한 것처럼 꾸미거나, 일반 직원을 연구원으로 허위 등록하는 등의 방법으로 세액공제를 받으려 한 기업들이 적발됐다. 심지어 연구소 인정이 취소된 사실을 숨기고 허위 자료를 제출한 사례도 있었다.
특히 국세청은 2023년부터 R&D 세액공제 업무를 전담하는 본청의 전문심사관과 지방청 전담팀을 운영, 그동안 과세 사각지대에 있던 연구개발 활동을 집중 검증했다. 그 결과 지난해에만 364개 기업에서 116억 원을 추징했다.
국세청 관계자는 “고율의 공제가 적용되는 신성장·원천기술 및 국가전략기술 세액공제 법인을 전수 분석한 결과, 69개 기업의 과다공제세액 62억 원을 추징했다”며 “연구소를 인정받지 않았거나 인정이 취소된 기업 178개에서도 30억 원을 추징했다”고 밝혔다.
한편, 국세청은 선의의 납세자 보호를 위해 ‘R&D 세액공제 사전심사 제도’를 운영하고 있다. 이 제도를 통해 사전심사를 받고 그 결과에 따라 신고하면 추후 과세처분이 달라지더라도 가산세가 면제되는 혜택을 받을 수 있다. 지난해 사전심사 신청 건수는 2,504건으로, 제도 시행 이후 꾸준히 증가하고 있다.
국세청은 “올해부터 ‘밸류업 표창 중소기업’과 ‘국가전략기술’ 심사 신청기업을 사전심사 우선처리 대상에 추가했다”며 “연구개발 수행기업을 대상으로 온라인 설명회, 납세자 세법교실 등 교육도 확대할 예정”이라고 밝혔다. 국세청은 앞으로도 R&D 세액공제 부정 수급에 대해서는 강력 대처하는 한편, 기업의 성실신고를 지원하고 연구·인력개발 투자를 촉진하기 위해 지속적으로 노력할 방침이라고 전했다.
